نرخ بالای آلودگی هم‌زمان با دو سویه کووید ۱۹ و نیز آلودگی با سویه‌های نوترکیب در ایرانیان

استاد دانشکده زیست‌شناسی پردیس علوم دانشگاه تهران با بیان این‌که‌ نتایج بررسی‌ها حاکی از نرخ نسبتاً بالا از آلودگی هم‌زمان با دو سویه SARS-COV-۲ و آلودگی با سویه‌های نوترکیب یافته در ایرانیان آلوده به این ویروس است، گفت: پیامد این موضوع می‌تواند ظهور سویه‌های جدید باشد.
به گزارش ایسنا، دکتر الهه الهی در سخنرانی علمی با موضوع ««نرخ نسبتاً بالا از آلودگی هم‌زمان با دو سویه SARS-COV-2 و آلودگی با سویه‌های نوترکیب یافته در ایرانیان آلوده به این ویروس»» با بیان این‌که در این خصوص چهار پژوهش توسط گروه ما انجام شد، اظهار کرد: در تعریف سویه جدید، دو شاخص را باید مد نظر قرار داد.
یکی وجود تغییر توالی نوکلئوتید در ژنوم ویروس مدعی جدید بودن در قیاس با توالی مرجع است.
(توالی مرجع توالی ماده ژنتیک ویروس‌هایی است که در ابتدای شروع همه‌گیری کرونا در چین گزارش شده است).
ایجاد تغییر در ماده ژنتیک ویروس کرونا پدیده‌ای بسیار رایج
وی با بیان این‌که ایجاد تغییر در ماده ژنتیک ویروس عامل کرونا پدیده‌ای بسیار رایج است، افزود: دومین شاخص سویه جدید شیوع نسبتاً بالای توالی جدید میان توالی‌های گزارش شده است.
هر توالی جدید معرف سویه جدید نیست.
دکتر الهی ادامه داد: توالی نوکلئوتیدی ژنوم همه اعضای یک سویه خاص لزوماً عیناً یکسان نیست و آنچه در همه افراد یک سویه مشترک است، وجود یک یا بیش از یک تغییر خاص نسبت به توالی مرجع است.
این تغییرات مشترک، تغییرات برچسب (Tag variations) سویه مد نظر هستند.
استاد پردیس علوم دانشگاه تهران خاطرنشان کرد: توالی ژنوم ویروس‌های جدا شده در مناطق مختلف دنیا تعیین و در انواع بانک‌های داده‌ها ثبت می‌شوند.
پایگاه GISAID یکی از مهم‌ترین و معتبرترین این موارد است.
احتمال بیشتر بروز تغییر در ژنوم ویروس کرونا در افرادی با مشکل سیستم ایمنی
وی در پاسخ به این پرسش که تغییرات در ژنوم ویروس‌ها از کجا می‌آیند؟، گفت: مهم‌ترین منشاء تغییرات، اشتباهاتی است که ضمن همانندسازی ژنوم تازه وارد شده به سلول میزبان رخ می‌دهند.
این گونه اشتباهات ممکن است در سلول‌های افراد با مشکل در سیستم ایمنی بیشتر رخ دهد، چون این افراد ممکن است ویروس را با تأخیر رد کنند و به ویروس فرصت بیشتری برای ایجاد تغییر ضمن همانندسازی بدهند.
فرآیند نوترکیبی دومین علت در ایجاد تغییر ژنوم ویروس پس از اشتباه در همانندسازی
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران تصریح کرد: پس از اشتباه در همانندسازی، فرآیند نوترکیبی ممکن است مهم‌ترین منشاء توالی‌های جدید ژنوم باشد.
دکتر الهی در ارتباط با سویه‌های دیگر، تصریح کرد: در فوریه ۲۰۲۰ کمی پس از آغاز همه‌گیری، تنها ۱۰۳ توالی در اختیار داشتیم.
از بررسی این‌ها گروهی نتیجه گرفتند که این توالی‌ها به دو سویه (L/S) قابل دسته‌بندی هستند؛ یکی سویه مرجع و دیگری که نسبت به سویه مرجع تغییرات خاصی در دو نوکلئوتید داشته است.
وی افزود: گروه ما در ادامه این طبقه‌بندی، همه حدود ۳۰۰۰ توالی با کیفیت خوب موجود در پایگاه GISAID در اوایل آوریل سال ۲۰۲۰ را بررسی و توالی‌ها را در ۱۳ گروه اصلی (H1- H13) دسته‌بندی کرد.
این استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران افزود: بیش از ۹۵ درصد توالی‌ها متعلق به این گروه‌ها بودند و حدود ۷۰ درصد متعلق به سه گروه H1 – H3 بودند.
دکتر الهی با بیان این‌که گروه H1 حدود ۴۵ درصد توالی‌ها را در برداشت، ادامه داد: گروه H2 همان گروه S با دو تغییر بود که قبلاً دیگران تعریف کرده بودند.
گروه H1 با چهار تغییر برچسب تعریف می‌شد و جالب این‌که وجود هر یک از این‌ها وجود سه تغییر سه مورد دیگر را با احتمال بیش از ۹۵ درصد تضمین می‌کرد.
وی خاطرنشان کرد: به گفته دیگر با بررسی تعداد کم نوکلئوتید اطلاعات زیاد درباره ژنوم ۳۰ هزار نوکلئوتیدی ویروس به دست می‌آمد.
درصدی از توالی‌های هر گروه اصلی، از جملهH1، علاوه‌بر نوکلئوتیدهای برچسب خود، یک یا دو تغییر دیگر نیز داشتند.
آن‌ها زیرگروه‌های گروه اصلی تلقی شدند.
H1a و H1b دو زیر گروه H1 بودند.
H1، H1a و H1b به‌ترتیب توسط GISAID کلدهای G, GR, و GH خوانده می‌شوند.
هیچ توالی با کیفیت از ایران در اوایل آوریل ۲۰۲۰ در پایگاه GISAID وجود نداشت
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران خاطرنشان کرد: هیچ توالی با کیفیت از ایران در اوایل آوریل ۲۰۲۰ در پایگاه GISAID وجود نداشت.
اما توالی‌های ناقص موجود از ایران را پیشنهاد دادند که به سه گروه شایع در دنیا (H1 – H3) تعلق ندارند، بلکه به گروه نسبتاً نادر H5 تعلق دارند.
دیرتر، وقتی تعداد محدود توالی‌های ژنومی با کیفیت از ایرانیان آلوده شده در اوایل همه‌گیری ثبت شدند، بررسی‌ها تائید کردند که ویروس‌های آن زمان حقیقتاً به گروه H5 تعلق دارند.
دکتر الهی ادامه داد: برای نشان دادن استمرار یا نداشتن استمرار نتایج حاصل از بررسی توالی‌های سه ماه نخست همه‌گیری، در پژوهش دوم همه حدود ۷۵ هزار توالی گزارش شده بین ژوئن و نوامبر ۲۰۲۰ بررسی شدند.
وی خاطرنشان کرد: معلوم شد که برچسب‌ها هنوز درست هستند، اما فراوانی نسبی گروه‌ها در جهان خیلی عوض شده بود، به‌نحوی که H1 که قبلاً حدود ۴۵ درصد توالی را در بر داشت، اکنون بسیار شایع‌تر شده است و در حال در بر گرفتن همه توالی‌ها در دنیا است.
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران گفت: از این‌رو، به تعیین زیرگروه‌های شایع H1 پرداختیم.
سه زیر گروه اصلی H1a، H1b، و H1r بودند.
جالب این بود که H1r اصلاً میان ۳۰۰۰ توالی از اوایل همه‌گیری وجود نداشت و در فاصله تا نوامبر تکامل یافته بود.
وجود نوظهور H1r دروازه‌ای برای ورود به مسائل سیاسی شد.
شناسایی زیرگروه جدید H1r در کشورهای اروپایی با فواصل دو هفته
دکتر الهی گفت: زیر گروه جدید H1r در کشورهای اروپایی در نمونه‌هایی با فواصل دو هفته جمع‌آوری شدند.
معلوم شد که در اسپانیا بیش از ۹۰ درصد و در ایرلند ۶۰ درصد توالی‌ها مربوط به آلودگی در اواسط سپتامبر و در انگلیس ۶۰ تا ۶۵ درصد توالی‌ها در اواخر نوامبر آلودگی از این زیرگروه جدید را نشان می‌دادند.
وی افزود: جالب این بود که از اواسط سپتامبر، توالی از اسپانیا یا ایرلند در GISAID یافت نمی‌شد.
این احتمال وجود دارد که این دو کشور از ارائه توالی‌های جدید پرهیز کردند تا در صورت گسترش جهانی H1، ننگ منشاء آن به آن‌ها زده نشود.
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران با بیان این که خوشبختانه گسترش جهانی این سویه رخ نداد، تصریح کرد: برای رهایی نسبی از این پاندمی، همه باید واکسینه شوند.
اگر مسایل واکسیناسیون به درستی مدیریت نشود، میزان مرگ و میر زیاد خواهد بود.
بررسی ژنوم ویروس کرونا در ۲۴۴ نمونه جمع‌آوری شده از ۹ شهر ایران در آبان و آذر ۹۹
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران با بیان این‌که در پژوهش سوم وضع حال ایران (آبان و آذر ۱۳۹۹) را از لحاظ سویه‌های آلوده‌کننده هم‌وطنان با استفاده از تغییرات برچسب بررسی کردیم.
دکتر الهی خاطر نشان کرد: با توجه به هزینه‌ها و امکانات، چاره‌ای به غیر از استفاده از برچسب‌ها نداشتیم.
وی ادامه داد: در راستای اجرای طرح پایلوت، ۲۴۴ نمونه از ۹ شهر ایران از جمله تهران، رشت، اهواز، ساری(مازندران) و ...
را بدست آوردیم.
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران گفت: ماهیت ۳ برچسب (دو جایگاه برای H1 و یکی برای H5) در همه ۲۴۴ نمونه بررسی شدند و ماهیت ۹ برچسب اضافه (جمعاً ۱۲ برچسب) در ۸۵ نمونه بررسی شدند.
همه نمونه‌ها از افراد آلوده شده از آبان و آذر ۹۹ به دست آمد.
دکتر الهی افزود: ۵ بخش ژنوم را به‌وسیله PCR افزایش دادیم.
این بخش‌ها تغییرات مدنظر را داشتند و محصول PCR آن‌ها را توالی‌یابی کردیم (بجای آن‌که ۳۰ هزار نوکلئوتید توالی‌یابی شود).
وی خاطرنشان کرد: همه نمونه‌ها، تغییرات مربوط به H1 را داشتند که حاکی از آن است ایران مانند بقیه دنیا H1 را پذیرفته است.
در ماه ۹ (آذر ماه) H5 به تنهایی در ایران دیده نمی‌شد.
H1 جایگزین H5 شده بود.
در آذرماه، از میان ۵۰ نمونه از تهران، ۱۳ مورد H1a و یک نمونه H1b خالص دیده شد.
هم‌چنین در این ماه ۲۹ نمونه که زیرگروه‌های H1b هستند، مشاهده شد.
آلودگی هم‌زمان فرد با دو سویه از نتایج غیرمنتظره حاصل از این پژوهش
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران افزود: نتایج غیرمنتظره‌ شواهدی بود برای آلوده بودن هم‌زمان فرد با دو سویه(co –infection).
یعنی برخی افراد در آن واحد با دو سویه از ویروس کرونا آلوده شده بودند.
دکتر الهی ادامه داد: این موضوع با re – Infection، یعنی آلودگی مجدد پس از رفع آلودگی اولی متفاوت است.
این وضعیت در حدود ۱۳درصد ۸۵ نمونه بیشتر بررسی شده مشاهده شد.
وی خاطرنشان کرد: دو ویروس که هم‌زمان وجود داشته‌اند، اغلب از سویه‌های شایع جهان یا ایران بوده‌اند.
وجود دو سویه موجود همزمان در یک میزبان، امکان تشخیص نوترکیبی بین ژنوم آن‌ها را فراهم می‌کند.
در میان ۵۰ نمونه از تهران، ۶ مورد با ویروس محصول فرآیند نوترکیب آلوده بودند.
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران با بیان این‌که نوترکیبی فرآیندی مولکولی شناخته شده است، افزود: منشاء بخشی از ژنوم نوترکیب یافته یک سویه است و منشاء بخش دیگر سویه دوم است که در اتفاق نوترکیبی شرکت داشته است.
علت رواج یک سویه برتری آن نسبت به سویه‌های دیگر است
دکتر الهی ادامه داد: به این ترتیب امکان دارد سویه جدید ایجاد شود که دارای ترکیبی از سویه‌های مادر باشد.
در پاسخ به این‌که چرا یک سویه نظیر H1 رایج شد، باید گفت حتماً برتری به سویه دیگر داشت.
به عبارتی، شاید بهتر به سلول‌های ریه متصل می‌شد و یا بهتر می‌توانست از سیستم ایمنی فرار کند.
وی تصریح کرد: محصول نوترکیبی میان دو سویه این چنینی ممکن است شاخص برتری هر دو سویه را داشته باشد.
وجود سویه‌های حاصل از نوترکیبی دیرتر، زمانی که تعداد بیشتر از توالی‌های کل ژنوم ویروس از ایران در GISAID قرار گرفتند، تایید شد.
استاد دانشکده پردیس علوم دانشگاه تهران افزود: باید دانست که پدیده نوترکیبی نقش اساسی در تکامل خانواده بتا کرونا ویروس دارد.
(SARS-CoV-۲ به این خانواده تعلق دارد).
دکتر الهی افزود: اخیراً سازمان بهداشت جهانی variants-of-interest (VOI) و (VOC) variants-of-concern را تعریف کرده است.
در اینجا، واریانت به سویه‌های ویروس اشاره دارد و نه به تغییر نوکلئوتیدی.
VOIها سوش‌هایی هستند که به‌علت شیوع بالا، توانایی فرار از سیستم ایمنی، تکثیر زیاد، عدم پاسخ به دارو و واکسن، و/ یا ایجاد شاخص بالینی جدید، با دقت پیگیری می‌شوند.
VOCها این ویژگی‌ها را با شدت بیشتر دارند.
هم‌اکنون، سازمان بهداشت جهانی پنج VOI را (eta (η), iota (ι), kappa (κ), and lambda (λ) and mu (μ) و چهار VOC را آلفا (alpha سویه انگلیسی)، بتا (beta سویه آفریقای جنوبی)، گاما (gamma، سویه برزیلی) و دلتا (delta، سویه هندی) تعریف کرده است.
وی با بیان این‌که از ویژگی‌های سوش‌های VOI و VOC وجود بیش از ۲۰ تغییر است، یادآور شد: برخی از این تغییرات مشترک هستند و استفاده از برچسب برای تشخیص این‌ها پیچیده است.
تمام VOI و VOC فوق زیرگروه‌هایی از H1a و H1b هستند.
انتهای پیام